1、猩红热性咽炎亦为溶血性链球菌感染，有发热及全身皮疹，其咽部表现不易区别，但其皮疹具有特殊性，自发病第2日起发生红色斑点状皮疹，自颈部迅速蔓延至驱干及四肢，面部潮红，口周苍白，病初有“草莓舌”，发病后3～4日则呈“杨莓舌”，恢复期皮疹消退，可有显著脱屑现象。
2、溃疡膜性咽峡炎(奋森性咽峡炎)咽部及全身症状均轻，一侧扁桃体或咽部有溃烂面，口腔粘膜及牙龈可发生溃疡，涂片可查到奋森氏螺旋体及梭状杆菌。
3、咽白喉咽粘膜充血轻，有灰白色假膜形成，覆于咽壁及扁桃体上，粘连较密，不易擦去，免强擦去，则见渗血，咽粘膜培养及涂片可检出白喉杆菌。
4、腺病毒卡他性咽炎常伴有眼结膜炎，即所谓咽结膜热，培养无细菌生长，临床症状较轻。
5、粒细胞缺乏症咽部粘膜呈紫红色，扁桃体表面常有溃疡，全身情况差，扁桃体周围无化脓现象，根据病史血液检验可资鉴别。
