由于念珠菌是共栖菌，所以从痰，口腔，阴道，尿，粪便或皮肤培养出念珠菌并不一定表明已发生进行性侵袭性念珠菌感染。诊断必须具有特征性的临床病变，受侵组织的组织病理学证据，或排除其他病因。血，脑脊液，心包或心包积液，或活检组织标本的阳性培养是决定采取全身性治疗必须的确诊依据。组织标本内有典型的由酵母菌，假菌丝和/或菌丝所致的组织病理学征象也具有诊断价值。但常是推测性的开始治疗。虽然目前已开展了各种检测抗体或抗原的血清学方法，但没有一种具有足够的特异性和敏感性可用于严重病人的快速诊断或排除诊断.