便秘的原因可分为先天性，原发性和继发性。最常见的种类是主要的，不会威胁生命。也可以按受影响的年龄段（例如儿童和成人）进行划分。

原发性或功能性便秘的定义是持续六个月以上的症状，而不是由根本原因引起的，例如药物副作用或潜在的医疗状况。 它与腹痛无关，因此可将其与肠易激综合症区分开。这是最常见的便秘，并且通常是多因素的。在成年人中，这种主要原因包括：饮食选择，例如食物纤维或液体摄入不足，或行为原因，例如身体活动减少。在老年人中，常见原因归因于膳食纤维摄入不足，液体摄入不足，体育活动减少，药物副作用，甲状腺功能低下和结直肠癌阻塞。然而，支持这些因素的证据很少。

次要原因包括药物的副作用，例如鸦片制剂，内分泌和代谢异常（例如甲状腺功能减退）和阻塞（例如来自大肠癌）。便秘也可能出现乳糜泻和麸质敏感，慢性便秘可导致膀胱膨出。

饮食

低纤维饮食，低液体摄入或节食可能导致或加剧便秘。膳食纤维有助于减少结肠运输时间，增加粪便体积，同时软化粪便。因此，低纤维饮食会导致原发性便秘。

药物治疗

许多药物都有便秘的副作用。一些包括（但不限于）类阿片，利尿剂，抗抑郁剂，抗组胺剂，镇痉药，抗惊厥药，三环类抗抑郁药，抗心律失常药，β-肾上腺素受体拮抗剂，抗腹泻， 5-HT3受体拮抗剂，例如昂丹司琼，和铝抗酸剂。某些钙通道阻滞剂，例如硝苯地平和维拉帕米由于乙状结肠蠕动功能障碍而引起严重便秘。补充剂，例如钙和铁补充剂，也可具有便秘，是一种明显的副作用。

医疗诊治

可能导致便秘的代谢和内分泌问题包括：高钙血症，甲状腺功能减退，甲状旁腺功能亢进，卟啉症，慢性肾脏疾病，全垂体功能减退，糖尿病和囊性纤维化。便秘在肌肉和肌强直性营养不良患者中也很常见。

全身性疾病可以与便秘呈现包括乳糜泻和全身性硬化症。

便秘具有多种结构性（机械性，形态性，解剖性）病因，即通过在结肠内造成占位性病变阻止大便通过，例如结直肠癌，狭窄，直肠小结，肛门括约肌损伤或畸形以及术后变化。肠外肿块（例如其他恶性肿瘤）也可能导致外部压迫导致便秘。

便秘还具有神经系统原因，包括肛门畸形，会阴部下降综合征和神经性巨结肠（Hirschsprung）。在婴儿中，Hirschsprung病是与便秘有关的最常见的医学疾病。

脊髓损伤和神经系统疾病，如帕金森氏病和骨盆底功能障碍也可导致便秘。

心理

不愿解便是便秘的常见原因。这可能是由于诸如担心疼痛，害怕公共洗手间或懒惰等因素造成的。鼓励孩子，使用液体，纤维和泻药时，可能会有助于克服这个问题。便秘导致的大便敢接，会导致肛裂，所以这种儿童的便秘应尽早干预。

先天性

出生时出现的多种疾病可导致儿童便秘。他们是不常见的人群，最常见的是大隐睾病（HD）。还有一些会导致便秘的先天性结构异常，包括肛门前移，肛门无孔，狭窄和小左结肠综合征。