瘢痕疙瘩属于良性皮肤纤维化疾病，在实施临床治疗前，需要与增生性瘢痕等疾病进行鉴别诊断，包括临床表现与病理检查，以防误诊。
其中，隆突性皮肤纤维肉瘤类为一种生长缓慢、起源于皮肤并可扩展至皮下组织的局限性低度恶性的纤维肉瘤，外形与瘢痕疙瘩有一定的相似度，但在手术切除范围等方面有着显著的不同，需要给予准确的鉴别诊断。
其他需要鉴别诊断的疾病还包括错构瘤、平滑肌肉瘤、梭形细胞肿瘤、皮肤癌、炎性肉芽肿和人工性皮炎等。
