主要与流行性感冒病毒、副流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、人偏肺病毒、严重急性呼吸综合征（severe acute respiratory syndrome，SARS）冠状病毒等其他已知病毒性肺炎鉴别，与肺炎支原体、衣原体肺炎和细菌性肺炎等鉴别。
此外，还要与非感染性疾病，如血管炎、皮肌炎等结缔组织疾病引起的肺间质性病变和机化性肺炎等鉴别。
此外可以与以下部分疾病相鉴别
·病毒性肺炎
·2019新型冠状病毒（2019-nCoV）
·2003年非典疫情（SARS）
·中东呼吸综合征（MERS）
·中国大陆非洲猪瘟疫情
·1894年香港鼠疫
·1988年上海市甲型肝炎大流行
·2009年甲型H1N1流感疫潮
·其它新兴传染病
